Según el Acuerdo 03 del 24 de febrero de 2016, que modifica la estructura orgánica de la Corporación Autónoma Regional de Chivor:

Art 1: Son órganos de dirección y administración de Corpochivor, la Asamblea Corporativa, el Consejo Directivo y el despacho del Director General.

Art. 2: La estructura de Corpochivor será la siguiente:

1. Dirección General

1.1 Oficina de Control Interno
2. Secretaría General y Autoridad Ambiental
3. Subdirección de gestión ambiental
4. Subdirección de planeación y ordenamiento ambiental
5. Subdirección administrativa y financiera